医师资格证和药师证可以同时使用。根据现有的政策法规，这两个证件分别属于不同的行政部门管理，并且分别录入不同的数据库。没有规定限制一个身份证同时注册执业药师和执业医师。但是，需要注意的是，根据《执业药师注册管理办法》，执业药师只能在一个注册机构注册，并在一个执业单位按照注册的执业类别和执业范围执业。因此，虽然可以同时拥有和注册这两个证件，但在实际工作中，聘用单位通常只能使用其中一个证书。
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